L'Association nationale des DDEN est une fédération d'Unions (déclinaisons de cette association au niveau départemental).
Au niveau fédéral elle est consultée par le ministère de l'Éducation nationale et prend position sur tous les sujets correspondant à ses missions statutaires. Elle produit une revue qu'elle distribue à chacun de ses adhérents.
L'Union départementale est déclarée en préfecture. Elle est gérée par un Conseil d'administration (CA).
Le Conseil d'administration est composé de 21 membres au maximum issus des délégations. Les membres sont élus par l'Assemblée générale, après candidature écrite remise avant le dernier CA de juin de l'année en cours au président en exercice de l'Union départementale.
Les membres élus sont renouvelables tous les 4 ans lors de l'Assemblée générale correspondant au renouvellement quadriennal ; les élections des membres du bureau de l'Union (président, vice-président, secrétaire, secrétaire adjoint, trésorier, trésorier adjoint) ainsi que des responsables de délégations se tiennent également à cette période pour un mandat de 4 ans.
Le Conseil d'administration se réunit le premier mardi après-midi de chaque mois au local de Blois (école Marguerite Audoux).
Chaque délégation est conduite par un responsable de délégation, secondé d'un responsable adjoint. Ce responsable de délégation est membre de droit du Conseil d'administration de l'Union, instance dans laquelle il représente sa délégation. (Il est souhaitable que chaque délégation ait un ou plusieurs représentants au sein de Conseil d'administration de l'Union pour faciliter les contacts et ainsi permettre à chacun d'avoir une meilleure connaissance des problèmes et sujets traités dans le département.)
Les délégations n'ont pas une gestion comptable indépendante de celle de l'Union : sur présentation d'une facture le trésorier de l'union rembourse, par chèque, les frais engagés.